Prof. dr hab. Jerzy Długoński ukończył w 1971 r. studia biologiczne na Wydziale Biologii i Nauk o Ziemi Uniwersytetu Łódzkiego ze specjalnością w zakresie mikrobiologii. W tym samym roku rozpoczął pracę naukową w Zespole Metabolizmu Drobnoustrojów, a następnie w Zakładzie Mikrobiologii Przemysłowej Uniwersytetu Łódzkiego. W kolejnych latach uzyskiwał stopnie naukowe – doktora (w 1979 r.), doktora habilitowanego (w 1993 r.), a następnie tytuł profesora nauk biologicznych (w 1999 r.). Odbył staże naukowe w Instytucie Biochemii Uniwersytetu w Lublanie (Słowenia), Instytucie Mikrobiologii Uniwersytetu w Szegedzie (Węgry) i Instytucie Mikrobiologii Ogólnej Uniwersytetu w Bernie (Szwajcaria). Osiągnięcia badawcze prof. Długońskiego wpisały się na trwałe w rozwój biotechnologii drobnoustrojów. Jego zainteresowania naukowe przez wiele lat były związane z mikrobiologiczną produkcją leków steroidowych. Po uzyskaniu w 1993 r. stopnia doktora habilitowanego zainicjował badania dotyczące wykorzystania przemysłowych szczepów drobnoustrojów do detoksykacji i biodegradacji ksenobiotyków szczególnie uciążliwych dla środowiska. W 1994 r. objął funkcję kierownika Zakładu Mikrobiologii Przemysłowej, przekształconego w Katedrę Mikrobiologii Przemysłowej i Biotechnologii Uniwersytetu Łódzkiego, którą bardzo aktywnie zarządzał do 2018 r.
Realizowane pod kierunkiem Profesora prace miały zarówno charakter badań podstawowych, jak i aplikacyjnych, a dotyczyły m.in.: biodegradacji pestycydów, bojowych środków trujących, toksycznych substancji obecnych w składowiskach odpadów dawnych Zakładów Produkcji Barwników „Boruta” w Zgierzu, usuwania metali ciężkich przez grzyby strzępkowe.
Podczas swojej aktywności zawodowej prof. Długoński kierował licznymi krajowymi i międzynarodowymi projektami badawczymi, w tym dwoma z Unii Europejskiej. W trakcie ich realizacji nawiązał owocną współpracę z licznymi ośrodkami zagranicznymi w tym w: Szwajcarii, Niemczech, Hiszpanii, Wielkiej Brytanii, Holandii, USA, jak również z wieloma ośrodkami naukowo-badawczymi i jednostkami przemysłu biotechnologicznego w Polsce. Jest autorem lub współautorem ponad stu siedemdziesięciu publikacji, w tym około stu z listy JCR oraz ponad stu pięćdziesięciu komunikatów prezentowanych na zjazdach krajowych i międzynarodowych, a także szeregu patentów z zakresu mikrobiologicznej produkcji leków steroidowych.
Jest autorem czterech podręczników dla studentów, w tym takiego jak Biotechnologia drobnoustrojów w laboratorium i w praktyce. Teoria, ćwiczenia i pracownie specjalistyczne, za który w 2022 r. został uhonorowany nagrodą Ministra Edukacji i Nauki „za autorstwo wybitnego i innowacyjnego podręcznika akademickiego”. Podręcznik ten został przetłumaczony na język angielski i wydany przy współudziale Columbia University Press, New York, USA. Profesor jest też edytorem i współautorem obszernej monografii naukowej z zakresu mikrobiologicznej degradacji toksycznych zanieczyszczeń Microbial Biodegradation. From Omics to Function and Application, wydanej przez Caister Academic Press w Wielkiej Brytanii.
Profesor Długoński podejmował liczne obowiązki organizacyjne w Uniwersytecie Łódzkim. W latach 1993–1996 pełnił funkcję prodziekana Wydziału Biologii i Nauk o Ziemi Uniwersytetu Łódzkiego, a w latach 1996–2008 był również dyrektorem Instytutu Mikrobiologii i Immunologii. W latach 1994–2018 był kierownikiem Katedry Mikrobiologii Przemysłowej i Biotechnologii Uniwersytetu Łódzkiego, a także członkiem Senatu Uniwersytetu Łódzkiego (2016–2020). Jest członkiem szeregu organizacji i towarzystw naukowych, w tym z wyboru: Komitetu Biotechnologii przy Prezydium Polskiej Akademii Nauk (od 1999 r., a w latach 2016–2020 pełnił funkcję wiceprzewodniczącego), Komitetu Nauk o Żywności i Żywieniu Polskiej Akademii Nauk (2016–2020), Centralnej Komisji do Spraw Stopni i Tytułów (sekcja III, w kadencjach 2013–2016 i 2017–2020), Polskiego Towarzystwa Mykologicznego (przewodniczący Komisji Rewizyjnej), Rady Redakcyjnej Postępów Mikrobiologii (od 2000 r.), Rady Wydawniczej „Folia Biologica et Oecologica”, Europejskiej Federacji Biotechnologii (od 1994 r.), Uniwersyteckiej Komisji Akredytacyjnej – kierunek biotechnologia, Komitetu Naukowego Parku Naukowo-Technologicznego w Łodzi (2004–2016), Rady Akceleratora Technologii Fundacja Uniwersytetu Łódzkiego (2004–2016), Zespołów ds. projektów badawczych CZT BioTechMed i CZT AgroTech (od 2004 r.), Naukowej Sieci Tematycznej Biotechnologii Środowiska „ENBIONET” (od 2003 r.).
Bardzo ważnym aspektem aktywności Profesora były działania na rzecz polskiej biotechnologii. Współorganizował liczne kongresy krajowe i międzynarodowe z zakresu biotechnologii i mikrobiologii. Był jednym z inicjatorów utworzenia nowej specjalności – biotechnologii na kierunku biologia, a następnie nowego kierunku studiów – biotechnologii na Wydziale Biologii i Ochrony Środowiska Uniwersytetu Łódzkiego. Był promotorem stu dwudziestu ośmiu prac magisterskich i licencjackich. Jego dorobek w zakresie kształcenia kadry naukowej obejmuje promotorstwo w jedenastu przewodach doktorskich. Czterech spośród wypromowanych doktorów uzyskało (przy udziale Profesora) stopień naukowy doktora habilitowanego. Ponadto prof. Długoński recenzował dwadzieścia dwie prace doktorskie i osiem habilitacyjnych, dwanaście wniosków o tytuł naukowy profesora, przewodniczył także pięćdziesięciu ośmiu komisjom habilitacyjnym.
Za swoje zaangażowanie w działalność naukową, organizacyjną i dydaktyczną był wielokrotnie wyróżniany nagrodami indywidualnymi i zespołowymi, a także honorowany licznymi odznaczeniami, w tym: Krzyżem Kawalerskim Orderu Odrodzenia Polski, Złotym i Srebrnym Krzyżem Zasługi, Medalem Komisji Edukacji Narodowej, Medalem „UŁ w Służbie Społeczeństwu i Nauce”, Złotą Odznaką Uniwersytetu Łódzkiego.
Pozanaukowe zainteresowania i pasje prof. Długońskiego są związane z ornitologią, ogrodnictwem, turystyką oraz genealogią. Od wielu lat jest aktywnym członkiem Stowarzyszenia Potomków Sejmu Wielkiego, gdzie powierzono mu między innymi funkcję członka Sądu Koleżeńskiego.