AKTUALNOŚCI
O PRACOWNI
Pracownia Biobank jest jednostką naukową Uniwersytetu Łódzkiego zajmującą się zagadnieniami biologii molekularnej i genetyki, oraz pobieraniem, gromadzeniem, przechowywaniem i udostępnianiem materiału biologicznego.
U podstaw powstania Pracowni Biobank leżała idea zainicjowania na Uniwersytecie Łódzkim działalności w obszarze biobankowania materiału biologicznego opartej o wiedzę i najnowszą technologię.
W naszej pracowni zdeponowana jest głównie ślina oraz krew, ale posiadamy również zaplecze techniczne do biobankowania surowicy, osocza, komórek jednojądrzastych.
Obecnie jako jeden z siedmiu ośrodków w kraju tworzymy ogólnopolskie Konsorcjum na rzecz Infrastruktury Badawczej Biobanków i Zasobów Biomolekularnych BBMRI (Biobanking and BioMolecular Resource Researche Infrastructure) i współtworzymy Polską Sieć Biobanków zrzeszającego największe Biobanki w Polsce.
Od roku 2016 należymy również do dwóch innych organizacji zrzeszających biobanki: ESBB (European and Middle Eastern Society for Biopreservation and Biobanking) oraz BCNet (Biobank and Cohort Building Network).
OFERTA KOMERCYJNA
Pracownia Biobank – Biobank Łódź świadczy usługi w zakresie biobankowania materiału biologiczne oraz wykonywania badań z zakresu biologii molekularnej i genetyki.
STAŻE I PRAKTYKI
W Pracowni Biobank prowadzone są całoroczne staże i praktyki dla studentów kierunków biologicznych i bioinformatycznych. Informacje o aktualnych programach stażowych zamieszczone są w zakładce „Aktualności”. Jeśli jesteście Państwo zainteresowani odbyciem praktyk w naszej Pracowni, prosimy o wysłanie swojego CV na adres biobank@uni.lodz.pl
REALIZOWANE PROJEKTY NAUKOWE I KOMERCYJNE
Pracownia Biobank to nie tylko biobankowane materiału biologicznego ale również działalność naukowa i komercyjna w obszarze biologii molekularnej. 60 Zrealizowanych projektów komercyjnych. 70 Grantów badawczych i projektów naukowych.
Pracownia Biobank Uniwersytetu Łódzkiego jest jednym z założycieli konsorcjum BBMRI.pl powstałego w ramach projektu „Utworzenie sieci biobanków w Polsce w obrębie Infrastruktury Badawczej Biobanków i Zasobów Biomolekularnych BBMRI-ERIC”, przyznanego na podstawie Decyzji Ministra Nauki i Szkolnictwa Wyższego (dalej: Ministra) nr DIR/WK/2017/01.
W skład konsorcjum prócz Pracowni Biobank Uniwersytetu Łódzkiego wchodzi Biobank Wrocławskiego Centrum Badań EIT+ Sp. z o. o, Centralny Bank Tkanek i Materiału Genetycznego w Zakładzie Medycyny Diagnostyki Laboratoryjnej Gdańskiego Uniwersytetu Medycznego, Pracownia Inżynierii Tkankowej w Zakładzie Histologii i Embriologii Warszawskiego Uniwersytetu Medycznego, Uniwersytet Medyczny w Lublinie, Uniwersytet Medyczny im Piastów Śląskich we Wrocławiu oraz Regionalne Centrum Naukowo-technologiczne w Podzamczu. Ośrodki konsorcjantów skupiają specjalistów od lat zajmujących się biobankowaniem ludzkiego materiału biologicznego oraz prowadzeniem badań naukowych.
Członkami konsorcjum są osoby posiadające doświadczenie w każdym z aspektów nauki (począwszy od pozyskiwania środków na finansowanie, poprzez ich rozliczanie, prowadzenie badań naukowych, wdrażanie ich wyników przy zachowaniu zasad etycznych, przepisów prawnych oraz standardów jakościowych).
Głównym celem konsorcjum BBMRI.pl jest utworzenie Polskiej Sieci Biobanków w oparciu o działania europejskiego partnera BBMRI-ERIC. Budowa wspólnej infrastruktury wpłynie na zwiększenie doskonałości naukowej i skuteczności polskich badań w dziedzinie nauk biomedycznych oraz zwiększenie konkurencyjności polskich badań i krajowego przemysłu B+R w kontekście europejskim i międzynarodowym.
Wskazanie właściwej ścieżki rozwoju na początku funkcjonowania jednostek biobankujących pozwoli ukształtować placówki biobankujące według standardów europejskich. Krajowa sieć ma przygotować polskie biobanki do pracy w ramach europejskiej sieci biobanków BBMRI-ERIC. Publikacja katalogów próbek na poziomie europejskiej struktury, lepsza organizacja polskich placówek biobankujących na poziomie jakościowym oraz informatycznym ma służyć nawiązywaniu współpracy wieloośrodkowej między zespołami naukowymi i klinicznymi z terenu całej Europy.
W ramach realizowanego projektu konsorcjum opracowało sześć głównych zadań, których realizacja jest konieczna do tego, aby polskie ośrodki mogły podejmować równorzędną współpracę z partnerami z zagranicy w ramach BBMRI-ERIC:
Zadanie 1. Zidentyfikowanie i charakterystyka podmiotów zainteresowanych wejściem do sieci biobanków polskich.
Zadanie 2. Wprowadzenie spójnych rozwiązań w zakresie IT.
Zadanie 3. Wyznaczenie standardów biobankowania materiału biologicznego do celów naukowych; wcielenie wspólnych rozwiązań.
Zadanie 4. Utworzenie Krajowego Ośrodka Wiodącego w Zakresie Biobankowania.
Zadanie 5. Wprowadzenie jednolitego system kontroli jakości wszystkich etapów funkcjonowania krajowych biobanków.
Zadanie 6. Analiza aspektów etycznych, prawnych i społecznych biobankowania ludzkiego materiału biologicznego w Polsce.
Pracownia Biobank Uniwersytetu Łódzkiego odpowiedzialna jest za realizacje zadania drugiego, w ramach którego odpowiedzialna jest za utworzenie jednolitego systemu informatycznego, obsługującego podstawowe funkcje biobanków.
Numer projektu:
decyzja MNiSW nr DIR/WK/2017/01
z dnia 27.01.2017r.
Okres realizacji projektu:
27.01.2017-31.12.2021
Całkowita kwota projektu:
39 549 517,00 zł
Dofinansowanie: 39 549 517,00 zł
Projekt współfinansowany ze środków Ministerstwa Nauki i Szkolnictwa Wyższego Rzeczypospolitej Polskiej
Numer projektu:
projekt finansowany w ramach konkursu „GRIEG-1”, nr umowy/decyzji UMO-2019/34/H/NZ8/00683
Okres realizacji projektu:
2020 -2023
Całkowita kwota projektu:
Wartość przyznanego dofinansowania 6387134 zł, budżet UŁ 2069166 zł
Funkcja
Koordynator Zadania UŁ
Numer projektu:
projekt finansowany w ramach konkursu „GRIEG-1”, nr umowy/decyzji UMO-2019/34/H/NZ8/00683
Okres realizacji projektu:
2020 -2023
Całkowita kwota projektu:
Wartość przyznanego dofinansowania 6387134 zł, budżet UŁ 2069166 zł
Funkcja
Koordynator Zadania UŁ
Numer projektu:
Przyznany na podstawie decyzji Rady Naukowej Fundacji Polpharma, w dniu 09.10.2018 r
Okres realizacji projektu:
od 2018-05-23 do 2021-12-31
Całkowita kwota projektu:
Wartość przyznanego dofinansowania 549840 zł
Funkcja:
Koordynator Zadania UŁ
Głównym celem projektu jest digitalizacja genetycznych zasobów pracowni Biobank oraz udostępnienie ich z wykorzystaniem repozytorium Local EGA. Local EGA – lokalna (Polska) instancja Europejskiego Archiwum Genomów i jako pierwsza w kraju powstanie na Uniwersytecie Łódzkim.
Wykorzystanie repozytorium Local EGA oznacza włączenie przechowywanych w nim danych do Europejskiego ekosystemu naukowo-badawczego (nadzorowanego przez Europejski Instytut Bioinformatyki, Center for Genomic Regulation i konsorcjum Elixir) otwierając drogę do realizacji międzynarodowych projektów badawczych. W repozytorium dane będą mogli zdeponować wszyscy zainteresowani udostępnianiem danych naukowcy nie tylko z UŁ.
Zastosowane mechanizmy kontroli dostępu – komitet dostępu do danych (skład określany przez dysponenta zbioru) oraz szyfrowanie z wykorzystaniem infrastruktury klucza publicznego zapewnia kuratorowi zbioru całkowitą kontrolę nad udostępnianymi danymi oraz warunkami na jakich dostęp może zostać przyznany.
Wygenerowane w trakcie projektu dane (pełne genomy i egzomy) stworzą interesujący dla badaczy zbiór danych o szerokich zastosowaniach w nauce w szczególności w rozwoju medycyny spersonalizowane. Pozwolą także na dalsze kontynuowanie prac badawczych prowadzonych w ramach pracowni, nad zmiennością genetyczną populacji Polskiej.
Efektem realizacji projektu będzie również zwiększenie możliwości analitycznych Biobanku Łódź poprzez zakup wysoko przepustowego sekwenatora nowej generacji (NGS). Otwierając w ten sposób szanse na stworzenie na Uniwersytecie Łódzkim specjalistycznego centrum sekwencjonowania genomu o zasięgu globalnym.
Projekt jest finansowany z Programu Operacyjnego Polska Cyfrowa
Numer projektu:
nr umowy/decyzji POPC.02.03.01-00-0097/19-00
Okres realizacji projektu:
2020-2023
Całkowita kwota projektu:
Finansowanie dla projektu Uniwersytetu Łódzkiego wynosi 10 000 000 PLN. Kwota dofinansowania ze środków europejskich to 8 463 000zł
Numer projektu:
nr umowy/decyzji OPUS12 (NCN), nr 2016/23/B/NZ8/03145;
Okres realizacji projektu:
2017-2021
Całkowita kwota projektu:
Wartość przyznanego dofinansowania 794640 zł
Numer projektu:
nr umowy/decyzji UMO-2019/35/B/NZ7/00942
Okres realizacji projektu:
2020 -2023
Całkowita kwota projektu:
Wartość przyznanego dofinansowania 2424060 zł, budżet UŁ 536520 zł.
Funkcja:
Koordynator Zadania UŁ
Głównym celem projektu jest udostępnienie genetycznych zasobów Biobanku UŁ i Katedry Antropologii UŁ na platformie dostępnej w internecie, w sposób ułatwiający ich ponowne wykorzystanie.
W ostatnich dziesięcioleciach każdego dnia ośrodki naukowo-badawcze generują ogromne ilości danych (big data – wielkie dane) o znacznej wartości naukowej. Tymczasem w Polsce wdrażanie nowych rozwiązań, takich jak porządkowanie i ułatwianie dostępu do danych naukowych w dalszym ciągu jest mało popularną praktyką. Źródłem tego problemu jest, między innymi, brak otwartości kadry naukowo-badawczej na proces ogólnoświatowej cyfryzacji ściśle związany ze specyfiką zawodu i reguł panujących w placówkach badawczych. W erze wielkich danych największym wyzwaniem nie jest więc samo przeprowadzanie eksperymentów badawczych, lecz możliwość opracowania systemu łatwej wymiany danych.
Wytworzenie platformy zawierającej cenne dane, skierowanej do jednej z największej grupy odbiorców – internautów, przyczyni się więc do wyznaczenia nowych standardów w dziedzinie cyfrowego udostępniania danych naukowych.
Projekt przyczyni się również do wzrostu ilości publicznie dostępnych danych – siedem miliardów pól danych na temat ludzkiego genomu (polskiej populacji na próbie 6400 osób) czeka na udostępnienie. Zbiór ten zostanie wzbogacony o zasoby Katedry Antropologii. Planowany do realizacji zakres cyfryzacji kolekcji szkieletowej z okresu od XI do początku XIX wieku, pochodzącej z pięciu stanowisk archeologicznych (cmentarzysk), zlokalizowanych w rejonie Brześcia Kujawskiego na Kujawach, obejmie pozyskanie cyfrowego zapisu sekwencji aDNA (ancient DNA – DNA starożytne).
Prestiżowy konkurs przeprowadziło Centrum Projektów Polska Cyfrowa w ramach Programu Operacyjnego Polska Cyfrowa. Warto podkreślić, iż w skali Polski tylko 5 wniosków uzyskało wymaganą liczbę punktów i uzyskało dofinansowanie.
Projekt jest finansowany z Programu Operacyjnego Polska Cyfrowa
Numer projektu:
Platforma informacyjna e-Człowiek.pl” nr umowy/decyzji POPC.02.03.01-00-0012/17;
Okres realizacji projektu:
od 01.11.2017 do 31.10.2020 r.
Całkowita kwota projektu:
Finansowanie dla projektu Uniwersytetu Łódzkiego wynosi 6.669.971,00 PLN. Kwota dofinansowania ze środków europejskich to 5.644.796,45 zł
